Lagos từng là một trại chiến tranh của các thành viên đế chế Benin, những người này gọi Lagos là Eko.[5][6] Yoruba vẫn sử dụng tên Eko để chỉ Lagos. Lagos, có nghĩa là "hồ", là tên được những người Bồ Đào Nha đặt cho nó. Bang Lagos ngày nay có tỷ lệ người Awori cao, họ di cư đến vùng này từ Isheri dọc theo sông Ogun. Trải qua suốt lịch sử, nó từng là nơi mà chiến tranh của nhiều nhóm dân tộc đã từng định cư ở đây. Theo sau sự định cư của nhóm quý tộc Awori, cuộc chinh phục của các lãnh chúa Bini của Benin, bang này đầu tiên trở thành nơi chú ý của người Bồ Đào Nha vào thế kỷ 13.[7]

Nhà thám hiểm Bồ Đào Nha Rui de Sequeira đến vùng đất này năm 1472, đặt tên khu vực quanh thành phố là Lago de Curamo. Một giải thích khác cho rằng Lagos được đặt theo tên của Lagos, Bồ Đào Nha - một thị trấn miền biển, vào thời điểm đó là trung tâm chính của cuộc thám hiểm người Bồ Đào Nha kéo dài xuống bờ biển châu Phi, và tên riêng có nguồn gốc từ tiếng Latinh Lacobriga.

Lagos chính thức bị sáp nhập thành thuộc địa Lagos của Anh năm 1861. Điều này có tác động kép đến chế độ buôn bán nô lệ và thiết lập sự kiểm soát của Anh đối với việc buôn bán dầu cọ và các hàng hóa khác.[8] Phần còn lại của Nigeria ngày nay bị chiếm giữ vào năm 1887, và khi chế độ thuộc địa và bảo hộ Nigeria được thiết lập năm 1914, Lagos được tuyên bố là thủ đô, và cho đến khi độc lập khỏi Anh năm 1960. Cùng với những người di cư từ khắp Nigeria và những người đến từ các quốc gia Tây Phi khác là những người từng là nô lệ đã hồi hương được gọi là Creoles, họ đến Lagos từ Freetown, Sierra Leone, Brazil và Tây Ấn. Những người Creole đã góp phần vào sự hiện đại hóa của Lagos và kiền thức của họ về kiến trúc Bồ Đào Nha có thể vẫn được thấy đây đó trên Đảo Lagos.[6]

Lago trải qua thời kỳ phát triển nhanh trong suốt thập niên 1960 và 1970 như là một quả bom kinh kế của Nigeria trước khi bắt đầu cuộc Nội chiến Nigeria. Lagos là thủ đô của Nigeria từ năm 1914 đến 1991.[9]